"Вирус будет мутировать". Ученые спрогнозировали развитие пандемии COVID-19

Консорциум CoRGI создали по инициативе НИИ гриппа имени А. А. Смородинцева для максимально быстрого анализа эпидемической ситуации. В него входит несколько научных групп, институтов, в том числе Центр Гамалеи, клинико-диагностические лаборатории, от которых идет основной поток образцов, полученных в больницах и при обычном ПЦР-тестировании. Часть положительных результатов отправляют на секвенирование — полное или частичное чтение генома. Результаты публикуют в базе данных GISAID, пополняемой со всего мира. Сейчас там 6,5 миллиона геномов. За анализ данных в консорциуме отвечают научные группы профессора Георгия Базыкина, представляющего Сколтех, Институт проблем передачи информации имени А. А. Харкевича РАН, и Владимира Щура, заведующего международной лабораторией статистической и вычислительной геномики ВШЭ.

Первых заболевших коронавирусом в России выявили в конце февраля 2020-го. А в апреле в НИИ имени Вредена в Санкт-Петербурге, где на карантине находились более семисот человек, произошла крупная вспышка. Обычно такие события стараются свести к одному случаю, но ученые на массиве данных консорциума CoRGI показали, что было минимум два-три независимых заноса извне. Да и сама эпидемия в стране началась благодаря как минимум 67 завозным случаям. Статья об этом вышла в Nature Communications почти год назад. "Только секвенирование достоверно показывает, какие варианты вируса циркулируют внутри сообщества, какие более или менее успешны", — говорит соавтор работы Владимир Щур. Недавно появился очередной препринт консорциума с описанием линии дельта-варианта, доминирующей в России. Это AY.122, иногда ее называют "русской дельтой". 

"Мы сразу видели этот вариант с двумя характерными мутациями, он часто встречался", — рассказывает Георгий Базыкин. Одна мутация в гене NSP2, вторая в ORF7a, это не спайк-белок, изменение которого особенно беспокоит исследователей. Функции обоих участков не до конца ясны, но каких-либо значимых отличий от исходного дельта-штамма, они, видимо, не дают.

"Этот вариант встречался в других странах, в некоторых даже размножился, но в таких масштабах — только у нас. Это убедительно доказывает, что у него нет конкурентного преимущества по сравнению с основным дельта-штаммом. Значит, дело в случайном заносе в Россию, в эффекте основателя", — продолжает ученый. 

Где возникла линия AY.122, неясно. После России ее замечали в соседних странах — Армении, Казахстане, Эстонии, Финляндии, Молдавии. А также в Монако.

"Этот вариант продолжает эволюционировать, образовались ответвления, но мы не видим мутаций, которые изменяли бы его свойства. Если и дальше так пойдет, то "дельту" либо заменит "омикрон", либо они будут сосуществовать", — предполагает профессор Базыкин.

Об омикрон-штамме сообщили в конце ноября. В ЮАР этот новый, сильно мутировавший, вариант вызвал вспышку. Уже 6 декабря его зафиксировали в России у вернувшихся из-за рубежа. Сейчас инфицированных — десятки.